4-氯吡咯并嘧啶是一种重要的医药中间体，其被用作例如治疗甲氨蝶呤反应不足或不耐受的中度至重度类风湿关节Chemicalbook炎成年患者原料药托法替尼的中间体。4-氯吡咯并嘧啶还是开发许多抗菌、抗肿瘤、抗椎体虫等药物的重要原料。